Важнейшим компонентом подготовки магистров в Банковско-финансовой академии Республики Узбекистан является целенаправленная и содержательная организация самостоятельного образования. Около 40% общей учебной нагрузки по предметам учебного плана специальностей магистратуры осваивается магистрантами самостоятельно по заданиям преподавателей. 

Самостоятельное образование включает как внеаудиторную работу магистрантов в рамках освоения материалов в соответствии с учебными программами предметов и выполнения курсовых и групповых работ, так и научно-исследовательскую деятельность в рамках подготовки магистерской диссертации.

В настоящее время в БФА нами широко практикуются следующие формы целенаправленной и содержательной организации внеаудиторного учебного времени магистрантов:

1. Индивидуальная и групповая работа магистрантов в рамках заданий в соответствии с учебными программами предметов, при этом особенный упор делается на групповую работу магистрантов  и презентации ее результатов перед комиссией.

2. Интерактивные внеаудиторные (вне учебного расписания) презентации, встречи с ведущими специалистами, открытые и проблемные лекции ведущих профессоров, мастер-классы профессионалов и опытных руководителей в банковско-финансовой сфере, в том числе международного уровня.

3. Еженедельные круглые столы, презентации и апробации промежуточных результатов исследований в рамках магистерских диссертаций, подготовка к публичным выступлениям, защите проектов и идей.

4. Индивидуальная работа магистрантов в рамках выполнения курсовых работ по определенным предметам соответствии с учебными планами, где важное место отводится формированию у слушателей исследовательских навыков, умений по сбору и  анализу практических данных, выработке практических рекомендаций. 

5. Прохождение квалификационной практики и зарубежной стажировки в целях изучения современной и передовой практической деятельности по выбранной специальности, выработка практических управленческих навыков и профессиональной квалификации для работы в руководящих должностях в банковско-финансовой сфере.

6. Участие в работе научных конференций и семинаров, в том числе ежегодной октябрьской научной конференции магистрантов академии, подготовка научных публикаций (не менее 2-х научных статей или тезисов) на страницах отечественных или зарубежных научных журналов. 

7. Научно-исследовательская работа в рамках подготовки и защите магистерской диссертации под руководством научного руководителя, прохождение промежуточных и итоговых научных семинаров в соответствии с календарным графиком подготовки и публичной защите диссертационного исследования.  

Инновационной формой целенаправленной и содержательной организации внеаудиторного времени магистрантов, начиная с 2012-2013 учебного года, явились интерактивные свободные занятия по английскому языку с приглашением ведущих специалистов и носителей языка. Данная форма основывается на методе «погружения в язык» и дает ускоренные результаты по выработке разговорной практики, развития словарного запаса, и самое главное, создает языковую среду и снимает барьер свободного общения. 

В академии принята система рейтинговой оценки (100 бальная) самостоятельного образования магистрантов, баллы которой учитываются итоговыми рейтингами магистранта по учебным предметам, курсовым работам, при защите отчета по квалификационной практике, при прохождении итоговых государственных аттестаций (испытаний), также защите магистерской диссертации.